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Étymol. et Hist. 1. 1630 «gâchis de boue» (Chapel[ain], Les Gueux ou la vie de Guzm[an] d'Alf[arache] III, 63 ds Brunot t. 3, p. 210); 2. 1640 «mélange répugnant de nourriture» (Oudin Ital.-Fr.); 3. 1738 «embarras, situation fâcheuse» se mettre dans le margouillis pour qqn (Fagan, Théâtre, Isabelle, IV, 392 [Duchesne] ds Quem. DDL t. 19). Dér. à l'aide du suff. -is* du verbe margouiller «salir, souiller», att. début xii^es. sous la forme marguillier (Psautier Cambridge, 73, 7 ds T.-L.), merguiller (Psautier Oxford, 73, 8, ibid.) prob. issu, avec le suff. péj. -ouiller sur le modèle des verbes du type brouiller*, du lat. d'orig. gaul. marga «marne, terre».