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Étymologie du Trésor de la Langue Française (1960-1990)
1. 2e moitié xiiie s. hoqueter « chanter le hoquet [une voix se tait quand l'autre chante, le silence pouvant se trouver après chaque note] » (A. de La Halle, Motet, 5 ds Henry Chrestomathie, n° 127, p. 235);
2. 1538 « avoir le hoquet » (Est. d'apr. FEW t. 4, p. 451a). Même orig. onomatopéique que hoquet*.