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Étymologie du Trésor de la Langue Française (1960-1990)
1. 2e moitié du xiiie s. cluneiter en parlant des yeux (Doon de Mayence, 127 ds T.-L.); xiiie s. clingneter (Continuation de G. de Tyr, chap. LVI, Hist. des crois. ds Gdf.), formes isolées; fin du xve s. clignoter (O. Maillard d'apr. FEW t. 2, p. 800a);
2. 1869 en parlant d'une lumière (A. Daudet, Lettres de mon moulin, p. 167). Dér. de cligner*; suff. -oter*.